Есть следующие варианты:
1. Это пиздец, надо менять рельсы, чтобы там не писали в тех.поддержке.
2. Это загон яндекса - на серче писали, что оператор site стал периодически некорректно отрабатывать, следовательно, если проблема замечена впервые, то погонять его некоторое время на предмет перепроверки.
3. Самый маловероятный вариант, зная, что ты не вчерашний, но все бывает: на сайте неправильно организована перелинковка - с главной капитально стекает вес, но это из области фантастики.
Вебархив историю смотрел, в гугле пробивал, какой там результат? Прогони сайт на всякий через PW или линкоскоп. Попроси того, кому доверяешь название сайта, проделать те же действия в ПСах.
P.S. на вопрос не ответил) это означает, что страница тотальный нерелевант (если это не глюк, как я уже говорил). Изредка такое может быть с 1, 2, 3 страницами, если линковка направлена на СЧ, и продвижение идет по ним, тогда они скаканут выше главной, но на 2-й странице ее точно быть не должно.